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Fmoc-Glu(OtBu)-OH·H₂O (estere γ-terz-butilico dell'acido Fmoc-L-glutammico monoidrato, CAS 204251-24-1) è un derivato protetto da Fmoc dell'acido L-glutammico in cui il gruppo γ-carbossilico della catena laterale è protetto come estere tert-butile. La molecola presenta il gruppo Fmoc (9-fluorenilmetilossicarbonile) all'estremità N per la protezione temporanea durante la SPPS, un acido α-carbossilico libero per l'allungamento della catena peptidica e un estere tert-butile (OtBu) che protegge il carbossilato della catena laterale.

Fmoc-L-Pen(Acm)-OH (Fmoc-S-acetamidometil-L-penicillamina, CAS 201531-76-2) è un derivato protetto da Fmoc dell'amminoacido non naturale L-penicillamina (β,β-dimetilcisteina). La molecola presenta un nucleo di penicillamina con una sostituzione tert-butile (gemma-dimetil) nel carbonio β, un acido carbossilico libero e un gruppo protettivo Fmoc (9-fluorenilmetilossicarbonile) N-terminale. Il gruppo tiolo della penicillamina è protetto da un gruppo acetamidometil (Acm), che funge da porzione protettiva dei tioli che è stabile in condizioni Fmoc SPPS standard e può essere rimosso selettivamente utilizzando acetato mercurico o iodio per rivelare il tiolo libero per la formazione del legame disolfuro.

Fmoc-ThpGly-OH (acido Fmoc-4-ammino-tetraidropiran-4-carbossilico, CAS 285996-72-7) è un amminoacido non naturale specializzato protetto da Fmoc caratterizzato da un anello tetraidropiranico fuso al centro di carbonio alfa. La molecola è costituita da un anello rigido di tetraidropirano (ossano) a sei membri con un gruppo amminico in posizione 4, protetto dal gruppo Fmoc (9-fluorenilmetilossicarbonile), e una funzionalità di acido carbossilico nello stesso carbonio.

Fmoc-Met(O2)-OH (N-α-Fmoc-L-metionina solfone, CAS 163437-14-7) è un derivato protetto da Fmoc della L-metionina in cui l'atomo di zolfo è stato completamente ossidato allo stato di ossidazione del solfone (R-SO₂-R). Questa modifica strutturale altera fondamentalmente le proprietà elettroniche e steriche della catena laterale della metionina: il gruppo solfone introduce due atomi di ossigeno che aumentano significativamente la polarità del residuo eliminando la funzionalità tioetere redox-sensibile presente nella metionina nativa.

Fmoc-Ado-OH (acido Fmoc-8-ammino-3,6-diossaottanoico, noto anche come Fmoc-AEEA o Fmoc-NH-PEG₂-CH₂COOH) è un derivato dell'acido ammino-PEG₂-acetico protetto da Fmoc caratterizzato da uno spaziatore flessibile di polietilenglicole (PEG) tra l'ammina protetta da Fmoc e l'acido carbossilico terminale. La molecola è costituita da un'ammina primaria protetta da Fmoc collegata a un acido carbossilico attraverso uno spaziatore di acido 3,6-diossaottanoico, una catena idrofila PEG₂ che conferisce solubilità in acqua e flessibilità conformazionale.

Fmoc-5-idrossi-Nva(TBDPS)-OH (N-fluorenilmetossicarbonil-5-(tert-butildifenilsilil)ossi-L-norvalina) è un derivato aminoacidico non proteogenico, protetto da Fmoc, caratterizzato da una modificazione idrossilica sulla catena laterale della norvalina. La molecola incorpora il gruppo 9-fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) labile agli acidi che protegge l'estremità N-terminale, mentre il gruppo ossidrile della catena laterale è mascherato dal gruppo protettivo terz-butildifenilsilile (TBDPS), un voluminoso etere sililico stabile agli acidi che fornisce protezione ortogonale durante la sintesi del peptide.