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Fmoc-Pro-Pro-OH (N-fluorenilmetossicarbonil-L-prolil-L-prolina) è un dipeptide protetto da Fmoc composto da due residui di L-prolina collegati tramite un legame peptidico. La molecola presenta il gruppo 9-fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) labile agli acidi che protegge l'estremità N-terminale, mentre l'acido carbossilico C-terminale rimane libero per le reazioni di accoppiamento. La presenza di due residui consecutivi di prolina conferisce una significativa rigidità conformazionale allo scheletro peptidico grazie all’esclusiva struttura ad anello ciclico pirrolidinico della prolina, che limita la flessibilità dello scheletro e promuove la formazione di strutture secondarie spire ed elicoidali.

Fmoc-Phe(4-tBu)-OH (Fmoc-4-tert-butil-L-fenilalanina, CAS 213383-02-9) è un derivato amminoacidico aromatico protetto da fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) impiegato come elemento costitutivo nella sintesi peptidica in fase solida. La molecola presenta un gruppo 9-fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) che protegge la funzionalità α-amminica e un voluminoso sostituente 4-tert-butile sull'anello fenilico della catena laterale della fenilalanina.

Fmoc-beta-HGlu(OtBu)-OH (estere 6-tert-butile dell'acido Fmoc-L-β-omoglutammico, CAS 203854-49-3) è un derivato β-amminico specializzato progettato per la sintesi peptidica in fase solida Fmoc/t-Bu. La molecola presenta un gruppo protettivo 9-fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) sulla funzione amminica e un estere tert-butile che protegge la funzione carbossilica della catena laterale in posizione 6. La struttura portante dell'acido β-omoglutammico estende la catena peptidica di un atomo di carbonio rispetto all'acido glutammico standard, fornendo proprietà conformazionali e funzionali uniche.

Fmoc-Dap(Boc)-OH (acido Nα-Fmoc-Nβ-Boc-L-2,3-diamminopropionico, CAS 162558-25-0) è un derivato amminoacidico chirale non proteogenico, protetto ortogonalmente, classificato come elemento costitutivo dell'acido L-2,3-diamminopropionico (Dap). La molecola presenta un gruppo protettivo terz-butossicarbonile (Boc) labile agli acidi sulla funzionalità β-amminica della catena laterale e un gruppo 9-fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) labile alle basi sulla posizione amminica α.

Fmoc-Trp-OH (Nα-Fmoc-L-triptofano, CAS 35737-15-6) è un derivato protetto da Fmoc dell'amminoacido aromatico L-triptofano presente in natura. La struttura molecolare di Fmoc-Trp-OH è costituita da uno scheletro di triptofano con un gruppo protettivo Fmoc (9-fluorenilmetossicarbonile) attaccato al gruppo α-amminico. Il triptofano è unico tra gli amminoacidi proteinogenici per la sua catena laterale indolica, un sistema aromatico biciclico contenente un anello pirrolico fuso con un anello benzenico.

Fmoc-Gln-OH (Nα-Fmoc-L-glutammina, CAS 71989-20-3) è un derivato protetto da Fmoc dell'amminoacido L-glutammina presente in natura. La struttura molecolare di Fmoc-Gln-OH è costituita da uno scheletro di glutammina recante un gruppo protettivo Fmoc (9-fluorenilmetossicarbonile) attaccato al gruppo α-amminico. Il gruppo Fmoc è una porzione protettiva labile alla base che viene rimossa selettivamente in condizioni basiche blande (tipicamente piperidina nel DMF), consentendo strategie di deprotezione ortogonale nella sintesi peptidica in fase solida (SPPS).