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Boc-Pro-NH₂ (N-(tert-butossicarbonil)-L-prolinamide, CAS 35150-07-3) è un derivato protetto da Boc della L-prolina caratterizzato da un'ammide primaria in posizione C2. La molecola è costituita da un anello pirrolidinico con un gruppo tert-butilossicarbonile (Boc) che protegge l'azoto dell'anello e un gruppo carbossammide (-CONH₂) nello stereocentro C2.

Fmoc-Lys(C16-OtBu)-OH (CAS 2952671-06-4) è un derivato della lisina specializzato protetto da Fmoc caratterizzato da una porzione lipidica C16 a catena lunga (gruppo esadecanoile/palmitoile) attaccata al gruppo ε-amminico della lisina tramite un legame ammidico, con l'acido carbossilico C-terminale protetto come tert-butile estere. Questa architettura molecolare unica combina la funzionalità α-amminica protetta da Fmoc richiesta per la sintesi peptidica in fase solida con una catena alchilica lipofila C16 che conferisce proprietà anfifiliche ai peptidi risultanti.

Fmoc-D-Trp-OH (Nα-Fmoc-D-triptofano, CAS 86123-11-7) è un derivato protetto da Fmoc dell'enantiomero D del triptofano, un amminoacido aromatico essenziale. La molecola presenta il gruppo 9-fluorenilmetossicarbonile (Fmoc) che protegge la funzione α-amminica, mentre l'acido carbossilico rimane libero per l'allungamento della catena peptidica. La catena laterale indolica di Fmoc-D-Trp-OH fornisce sia carattere aromatico che capacità di legame idrogeno, rendendo questo composto un prezioso elemento costitutivo per incorporare residui di D-triptofano in sequenze peptidiche tramite sintesi peptidica in fase solida Fmoc (SPPS).

Fmoc-beta-Ala-OH (Fmoc-β-alanina, acido 3-((((9H-Fluoren-9-il)metossi)carbonil)ammino)propanoico, CAS 35737-10-1) è un derivato β-amminico protetto da Fmoc caratterizzato dal gruppo protettivo Fmoc (9-fluorenilmetilossicarbonile) attaccato al gruppo β-amminico. A differenza degli α-amminoacidi standard, Fmoc-beta-Ala-OH contiene il gruppo amminico in posizione β (carbonio 3) rispetto all'acido carbossilico, risultando in uno scheletro a tre atomi di carbonio (H₂N-CH₂-CH₂-COOH) anziché lo scheletro a due atomi di carbonio dell'α-alanina.

Fmoc-Gln(Trt)-OH (Nα-Fmoc-Nδ-tritil-L-glutammina, CAS 132327-80-1) è un derivato della L-glutammina doppiamente protetto caratterizzato dal gruppo protettivo Fmoc (9-fluorenilmetilossicarbonile) sul gruppo Nα-amminico e dal gruppo protettivo tritile (Trt, trifenilmetile) sull'ammide della catena laterale Nδ. Questa esclusiva strategia a doppia protezione affronta efficacemente le sfide intrinseche dell'incorporazione della glutammina nella sintesi dei peptidi.

Fmoc-7-Me-Trp-OH (N-Fmoc-7-metil-L-triptofano, CAS 1808268-53-2) è un derivato amminoacidico non proteogenico protetto da Fmoc caratterizzato da una sostituzione 7-metilica sull'anello indolico dell'L-triptofano. La struttura molecolare è costituita dal gruppo protettivo fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) attaccato al gruppo α-amminico tramite un legame carbammato, con un nucleo 7-metil-L-triptofano che porta un acido carbossilico all'estremità C-terminale.