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Fmoc-Glu-OAll (estere α-allile dell'acido N-α-Fmoc-L-glutammico, IUPAC: (4S)-4-(9H-fluoren-9-ilmetossicarbonilammino)-5-osso-5-prop-2-enossipentanoico) è un derivato dell'acido glutammico protetto ortogonalmente che porta un gruppo Fmoc base-labile all'estremità α-ammino e un estere allilico (OAll) che protegge il gruppo α‑carbossilico, mentre il γ‑carbossile della catena laterale rimane un acido carbossilico libero.

Fmoc-Asp(OAll)-OH (estere α-allile dell'acido N-α-Fmoc-L-aspartico, IUPAC: (2S)-2-(9H-fluoren-9-ilmetossicarbonilammino)-4-osso-4-prop-2-enossibutanoico) è un derivato dell'acido aspartico protetto ortogonalmente con due distinte strategie di protezione: un Fmoc base-labile (9-fluorenilmetossicarbonile) che protegge l'estremità α-amminica e un estere allilico (OAll) che protegge il gruppo α-carbossilico.

Fmoc-D-Ser(tBu)-OH (N-[(9H-fluoren-9-ilmetossi)carbonil]-O-tert-butil-D-serina) è un derivato protetto da N-Fmoc e protetto da O-tert-butile dell'amminoacido non naturale D‑serina. La struttura comprende un gruppo 9‑fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) attaccato al gruppo α‑ammino e un gruppo tert‑butiletere (tBu) labile agli acidi che protegge l'ossidrile della catena laterale. Questo schema di protezione ortogonale (Fmoc labile alle basi sull'ammina, tBu labile agli acidi sulla catena laterale) è fondamentale per il suo ruolo nella sintesi peptidica in fase solida Fmoc (SPPS).

Fmoc-Gly-Gly-OH è un derivato dipeptidico caratterizzato da un residuo di glicina protetto da Fmoc accoppiato a una seconda glicina tramite un legame ammidico, dando come risultato la formula strutturale Fmoc-NH-CH₂-CO-NH-CH₂-COOH. La molecola non contiene centri chirali, poiché la glicina è achirale. La struttura dipeptidica è altamente flessibile, rendendo Fmoc-Gly-Gly-OH un elemento ideale per la costruzione di linker basati su peptidi.

Fmoc-Asp(OtBu)-OH è un derivato dell'acido L-aspartico protetto da Fmoc caratterizzato da un gruppo protettivo tert-butile (OtBu) sul gruppo β‑carbossilico della catena laterale. Strutturalmente, la molecola è costituita da un nucleo di acido L-aspartico con l’ammina primaria protetta da un gruppo 9-fluorenilmetossicarbonile (Fmoc) – il gruppo protettivo labile alla base standard per la sintesi peptidica in fase solida (SPPS) – e l’acido carbossilico della catena laterale protetto come estere terz-butilico.

Fmoc-D-Leu-OH (N-[(9H-fluoren-9-ilmetossi)carbonil]-D-leucina) è una forma protetta da N-Fmoc della D-leucina, l'enantiomero non naturale dell'amminoacido essenziale a catena ramificata L-leucina. La struttura molecolare presenta un gruppo 9-fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) attaccato al gruppo α-amminico della D-leucina, mentre l'acido carbossilico rimane libero per la formazione del legame peptidico.