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Fmoc-D-Tyr(Et)-OH (N‑[(9H‑fluoren‑9‑ilmetossi)carbonil]‑O‑etil‑D‑tirosina; C26H25NO5; PM 431,49 g/mol) è un derivato O‑etilato, protetto da N‑α‑Fmoc, dell'amminoacido non naturale D‑tirosina. L'architettura molecolare comprende un fluorenilmetossicarbonil carbammato che protegge il gruppo α‑ammino, un'estremità dell'acido carbossilico libero per la formazione del legame ammidico e una catena laterale p‑etossibenzilica in cui il –OH fenolico della tirosina è stato alchilato nell'etere etilico (–OEt).

Fmoc-Val-OH (N-[(9H-fluoren-9-ilmetossi)carbonil]-L-valina; C20H21NO4; PM 339,39 g/mol) è un derivato protetto N‑α‑Fmoc dell'amminoacido a catena ramificata L‑valina. La struttura molecolare comprende un fluorenilmetossicarbonil carbammato attaccato al gruppo α‑amminico della L‑valina, con un terminale di acido carbossilico libero disponibile per la formazione del legame ammidico.

Fmoc-Leu-OH (N-[(9H-fluoren-9-ilmetossi)carbonil]-L-leucina; C21H23NO4; peso molecolare 353,42 g/mol) è un derivato protetto N‑α‑Fmoc (fluorenilmetilossicarbonile) dell'amminoacido essenziale a catena ramificata L‑leucina. L'architettura molecolare è costituita da un fluorenilmetossicarbonil carbammato legato al gruppo α‑amminico della L‑leucina, mentre l'estremità terminale dell'acido carbossilico rimane libera per la successiva formazione del legame ammidico.

Fmoc-Glu-OAll (estere α-allile dell'acido N-α-Fmoc-L-glutammico, IUPAC: (4S)-4-(9H-fluoren-9-ilmetossicarbonilammino)-5-osso-5-prop-2-enossipentanoico) è un derivato dell'acido glutammico protetto ortogonalmente che porta un gruppo Fmoc base-labile all'estremità α-ammino e un estere allilico (OAll) che protegge il gruppo α‑carbossilico, mentre il γ‑carbossile della catena laterale rimane un acido carbossilico libero.

Fmoc-Asp(OAll)-OH (estere α-allile dell'acido N-α-Fmoc-L-aspartico, IUPAC: (2S)-2-(9H-fluoren-9-ilmetossicarbonilammino)-4-osso-4-prop-2-enossibutanoico) è un derivato dell'acido aspartico protetto ortogonalmente con due distinte strategie di protezione: un Fmoc base-labile (9-fluorenilmetossicarbonile) che protegge l'estremità α-amminica e un estere allilico (OAll) che protegge il gruppo α-carbossilico.

Fmoc-D-Ser(tBu)-OH (N-[(9H-fluoren-9-ilmetossi)carbonil]-O-tert-butil-D-serina) è un derivato protetto da N-Fmoc e protetto da O-tert-butile dell'amminoacido non naturale D‑serina. La struttura comprende un gruppo 9‑fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) attaccato al gruppo α‑ammino e un gruppo tert‑butiletere (tBu) labile agli acidi che protegge l'ossidrile della catena laterale. Questo schema di protezione ortogonale (Fmoc labile alle basi sull'ammina, tBu labile agli acidi sulla catena laterale) è fondamentale per il suo ruolo nella sintesi peptidica in fase solida Fmoc (SPPS).