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Fmoc-beta-Ala-OH (Fmoc-β-alanina, acido 3-((((9H-Fluoren-9-il)metossi)carbonil)ammino)propanoico, CAS 35737-10-1) è un derivato β-amminico protetto da Fmoc caratterizzato dal gruppo protettivo Fmoc (9-fluorenilmetilossicarbonile) attaccato al gruppo β-amminico. A differenza degli α-amminoacidi standard, Fmoc-beta-Ala-OH contiene il gruppo amminico in posizione β (carbonio 3) rispetto all'acido carbossilico, risultando in uno scheletro a tre atomi di carbonio (H₂N-CH₂-CH₂-COOH) anziché lo scheletro a due atomi di carbonio dell'α-alanina.

Fmoc-Gln(Trt)-OH (Nα-Fmoc-Nδ-tritil-L-glutammina, CAS 132327-80-1) è un derivato della L-glutammina doppiamente protetto caratterizzato dal gruppo protettivo Fmoc (9-fluorenilmetilossicarbonile) sul gruppo Nα-amminico e dal gruppo protettivo tritile (Trt, trifenilmetile) sull'ammide della catena laterale Nδ. Questa esclusiva strategia a doppia protezione affronta efficacemente le sfide intrinseche dell'incorporazione della glutammina nella sintesi dei peptidi.

Fmoc-7-Me-Trp-OH (N-Fmoc-7-metil-L-triptofano, CAS 1808268-53-2) è un derivato amminoacidico non proteogenico protetto da Fmoc caratterizzato da una sostituzione 7-metilica sull'anello indolico dell'L-triptofano. La struttura molecolare è costituita dal gruppo protettivo fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) attaccato al gruppo α-amminico tramite un legame carbammato, con un nucleo 7-metil-L-triptofano che porta un acido carbossilico all'estremità C-terminale.

Fmoc-Glu(OtBu)-OH·H₂O (estere γ-terz-butilico dell'acido Fmoc-L-glutammico monoidrato, CAS 204251-24-1) è un derivato protetto da Fmoc dell'acido L-glutammico in cui il gruppo γ-carbossilico della catena laterale è protetto come estere tert-butile. La molecola presenta il gruppo Fmoc (9-fluorenilmetilossicarbonile) all'estremità N per la protezione temporanea durante la SPPS, un acido α-carbossilico libero per l'allungamento della catena peptidica e un estere tert-butile (OtBu) che protegge il carbossilato della catena laterale.

Fmoc-L-Pen(Acm)-OH (Fmoc-S-acetamidometil-L-penicillamina, CAS 201531-76-2) è un derivato protetto da Fmoc dell'amminoacido non naturale L-penicillamina (β,β-dimetilcisteina). La molecola presenta un nucleo di penicillamina con una sostituzione tert-butile (gemma-dimetil) nel carbonio β, un acido carbossilico libero e un gruppo protettivo Fmoc (9-fluorenilmetilossicarbonile) N-terminale. Il gruppo tiolo della penicillamina è protetto da un gruppo acetamidometil (Acm), che funge da porzione protettiva dei tioli che è stabile in condizioni Fmoc SPPS standard e può essere rimosso selettivamente utilizzando acetato mercurico o iodio per rivelare il tiolo libero per la formazione del legame disolfuro.

Fmoc-ThpGly-OH (acido Fmoc-4-ammino-tetraidropiran-4-carbossilico, CAS 285996-72-7) è un amminoacido non naturale specializzato protetto da Fmoc caratterizzato da un anello tetraidropiranico fuso al centro di carbonio alfa. La molecola è costituita da un anello rigido di tetraidropirano (ossano) a sei membri con un gruppo amminico in posizione 4, protetto dal gruppo Fmoc (9-fluorenilmetilossicarbonile), e una funzionalità di acido carbossilico nello stesso carbonio.