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Fmoc-Trp-OH (Nα-Fmoc-L-triptofano, CAS 35737-15-6) è un derivato protetto da Fmoc dell'amminoacido aromatico L-triptofano presente in natura. La struttura molecolare di Fmoc-Trp-OH è costituita da uno scheletro di triptofano con un gruppo protettivo Fmoc (9-fluorenilmetossicarbonile) attaccato al gruppo α-amminico. Il triptofano è unico tra gli amminoacidi proteinogenici per la sua catena laterale indolica, un sistema aromatico biciclico contenente un anello pirrolico fuso con un anello benzenico.

Fmoc-Gln-OH (Nα-Fmoc-L-glutammina, CAS 71989-20-3) è un derivato protetto da Fmoc dell'amminoacido L-glutammina presente in natura. La struttura molecolare di Fmoc-Gln-OH è costituita da uno scheletro di glutammina recante un gruppo protettivo Fmoc (9-fluorenilmetossicarbonile) attaccato al gruppo α-amminico. Il gruppo Fmoc è una porzione protettiva labile alla base che viene rimossa selettivamente in condizioni basiche blande (tipicamente piperidina nel DMF), consentendo strategie di deprotezione ortogonale nella sintesi peptidica in fase solida (SPPS).

Fmoc-Asn-OH (CAS 71989-16-7), noto anche come Nα-Fmoc-L-asparagina, è un elemento fondamentale di amminoacidi protetti da Nα-Fmoc per l'introduzione di residui di asparagina nella sintesi peptidica in fase solida basata su Fmoc (SPPS). La molecola è costituita dall'amminoacido L-asparagina con la sua posizione Nα protetta dal gruppo 9-fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) base labile, mentre la catena laterale carbossammide rimane non protetta.

Fmoc-Arg(Pmc)-OH (CAS 119831-72-0) è un derivato dell'arginina premium protetto da Nα-Fmoc caratterizzato dal gruppo protettivo Pmc (2,2,5,7,8-pentametilcroman-6-solfonile) sulla catena laterale del guanidinio. La molecola combina il gruppo 9-fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) labile alle basi per una protezione temporanea Nα durante l'assemblaggio della catena peptidica con il gruppo Pmc labile agli acidi che salvaguarda la funzionalità altamente reattiva del guanidinio dell'arginina.

Fmoc-N-Me-Arg(Pbf)-OH (CAS 913733-27-4) è un derivato specializzato dell'arginina Nα-metilato protetto da Nα-Fmoc con il gruppo protettivo Pbf (2,2,4,6,7-pentametildiidrobenzofuran-5-solfonile) labile agli acidi sulla catena laterale del guanidinio. La molecola incorpora tre elementi strutturali chiave: il gruppo 9-fluorenilmetilossicarbonile (Fmoc) base-labile per la protezione temporanea Nα durante l'assemblaggio della catena peptidica, la Nα-metilazione che introduce vincoli conformazionali e migliora la stabilità metabolica nelle terapie peptidiche, e il gruppo guanidinio protetto da Pbf sulla catena laterale dell'arginina che previene reazioni collaterali indesiderate durante l'accoppiamento.

Fmoc-Tyr(Me)-OH (Nα-[(9H-fluoren-9-ilmetossi)carbonil]-O-metil-L-tirosina, noto anche come Fmoc-4-metossi-L-fenilalanina) è un derivato della tirosina protetto da Fmoc caratterizzato da un gruppo protettivo di etere metilico sulla catena laterale dell'idrossile fenolico. Il fenolo della catena laterale della tirosina viene metilato per formare un residuo stabile di 4-metossifenilalanina, un amminoacido non canonico che funge da surrogato della tirosina nella ricerca sui peptidi.