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Boc-Gly-Gly-OH (N-(terz-butossicarbonil)glicilglicina) è un dipeptide protetto da Boc costituito da due residui di glicina collegati da un legame ammidico, con un gruppo terz-butilossicarbonile (Boc) che protegge la funzionalità amminica N-terminale. La formula molecolare è C₉H₁₆N₂O₅ con un peso molecolare di 232,23 g/mol. La struttura presenta un gruppo tert-butilossicarbonile che serve a proteggere i residui di glicina durante i complessi processi di assemblaggio del peptide.

Boc-L-Homophe-OH (N-Boc-L-omofenilalanina) è un amminoacido innaturale protetto da Boc caratterizzato da un gruppo tert-butilossicarbonile (Boc) che protegge la funzionalità α-amminica e una catena laterale di omofenilalanina - un gruppo fenilpropilico che si estende dal carbonio α. La formula molecolare è C₁₅H₂₁NO₄ con un peso molecolare di 279,33 g/mol. La presenza del gruppo Boc rende il gruppo amminico inerte in un'ampia gamma di condizioni di reazione, consentendo manipolazioni selettive all'estremità dell'acido carbossilico o altrove nella molecola.

Boc-Asn-OH (Nα-(tert-Butossicarbonil)-L-asparagina, CAS 7536-55-2) è un derivato protetto da Boc dell'amminoacido naturale L-asparagina. La molecola presenta un gruppo protettivo tert-butilossicarbonile (Boc) attaccato al gruppo α-amminico, salvaguardando la funzionalità amminica durante la sintesi del peptide lasciando il gruppo carbossilico e la carbossammide a catena laterale disponibili per trasformazioni selettive.

Boc-D-Leu-OH·H₂O (N-Boc-D-leucina monoidrato, CAS 16937-99-8) è la forma cristallina monoidrata, protetta da N-Boc, dell'enantiomero D innaturale dell'amminoacido essenziale leucina. La molecola presenta un gruppo protettivo tert-butilossicarbonile (Boc) attaccato al gruppo α-amminico della D-leucina, salvaguardando l'ammina durante la sintesi del peptide preservando l'acido carbossilico libero per le reazioni di accoppiamento.

Boc-metioninetiolo acetato (CAS 139429-04-2) è un derivato aminoacidico specializzato protetto da Boc con funzionalità tioacetato. La molecola incorpora un gruppo protettivo tert-butilossicarbonile (Boc) sulla porzione amminica, combinato con una struttura tiolica derivata dalla metionina che è stata acetilata per formare il derivato tioacetato (S-acetile).

Boc-Ala-OH (N-(tert-Butossicarbonil)-L-alanina) è un derivato amminoacidico protetto da Boc caratterizzato da un gruppo protettivo terz-butilossicarbonile (Boc) attaccato al gruppo α-amminico della L-alanina. La molecola è costituita da un carbonio chirale centrale che porta un gruppo amminico (protetto come carbammato), un acido carbossilico e una catena laterale metilica: l'impalcatura di amminoacidi chirali più semplice.