Fosforamidite Bz-rC

La fosforamidite Bz-rC è un monomero fondamentale per la sintesi chimica degli oligonucleotidi di RNA. Il gruppo protettivo N4‑benzoile sulla base della citosina previene la ramificazione e la terminazione della catena durante il ciclo di accoppiamento del fosforamide, mentre il gruppo 2′-O‑TBDMS protegge il 2′-idrossile durante l'assemblaggio della catena e viene rimosso dopo la sintesi utilizzando reagenti a base di fluoruro come il trietilammina triidrofluoruro (TEA·3HF). La fosforamidite Bz-rC è compatibile con i protocolli standard di sintesi dell'RNA su sintetizzatori automatizzati di DNA/RNA (ad es. Applied Biosystems, MerMade, Dr. Oligo), che in genere utilizzano soluzioni di attivatore da 0,25 M (5‑etiltio‑1H‑tetrazolo, 4,5‑dicianoimidazolo) e tempi di accoppiamento di 5–10 minuti. La fosforamidite Bz-rC è stata ampiamente convalidata nella sintesi di RNA per studi strutturali, oligonucleotidi antisenso, siRNA e aptameri. La fosforamidite Bz-rC viene utilizzata anche come standard di riferimento nella profilazione delle impurità oligonucleotidiche, poiché il gruppo benzoile può dare origine a sottoprodotti caratteristici (ad esempio, prodotti di N4‑benzoil‑depirimidinazione) che devono essere monitorati durante lo sviluppo del processo.

Parametri del prodotto

Controllo qualità presso Cosperpharm

Ogni lotto viene sottoposto a:

● Gascromatografia (GC) – purezza ≥97,0%

● Titolazione non acquosa – purezza ≥97,0%

● Indice di rifrazione – analisi confermativa

● ¹H NMR – verifica strutturale

● Aspetto – liquido trasparente da incolore a giallo chiaro fino ad arancione chiaro

Ogni spedizione è accompagnata da un COA completo, da una scheda di sicurezza di sicurezza (con informazioni GHS complete) e da un certificato di origine.

Domande frequenti

Q1: Qual è la differenza tra fosforamidite Bz-rC e fosforamidite Ac‑rC?

R: La fosforamidite Bz-rC utilizza un gruppo protettivo benzoile (Bz) sull'ammina esociclica N4 della citosina, mentre Ac‑rC utilizza un gruppo acetile (Ac). Il gruppo benzoile fornisce una maggiore protezione contro la depirimidinazione nelle condizioni acide di rimozione del DMT (acido tricloroacetico al 3% in diclorometano). Per la maggior parte delle applicazioni di sintesi dell'RNA, il gruppo benzoile è preferito per sequenze lunghe o ricche di deossicitidina.

Q2: Qual è il tempo di accoppiamento consigliato per la fosforamidite Bz-rC su un sintetizzatore standard?

R: In condizioni standard di sintesi dell'RNA con attivatore da 0,25 M (ad esempio, 5‑etiltio‑1H‑tetrazolo o 4,5‑dicianoimidazolo), un tempo di accoppiamento di 5–10 minuti è tipico per la fosforamidite Bz-rC. Per oligonucleotidi più lunghi (>40 mer) o sintesi ad alta produttività, l'ottimizzazione della concentrazione dell'attivatore e del tempo di accoppiamento può migliorare le rese.

Scenari di applicazione del prodotto

1.Sintesi di oligonucleotidi di RNA

La fosforamidite Bz-rC è l'elemento costitutivo standard per l'introduzione di residui di citidina negli oligonucleotidi di RNA sintetici per la ricerca, la diagnostica e lo sviluppo terapeutico.

2.Produzione di siRNA

Utilizzato per incorporare la 2′-OH citidina nei duplex di siRNA. Il gruppo TBDMS viene rimosso dopo la sintesi, producendo RNA completamente nativo per gli studi RNAi.

3.Sintesi di oligonucleotidi antisenso (ASO).

Gli ASO mirati alle trascrizioni di RNA richiedono segmenti di RNA (ad esempio, nei modelli gapmer). La fosforamidite Bz-rC fornisce i residui di citidina necessari con piena resistenza alla nucleasi quando lasciata come 2′-OH o modificata.

4.Generazione di aptameri di RNA

Le librerie di aptameri e i singoli candidati aptameri vengono sintetizzati chimicamente utilizzando la fosforamidite Bz-rC per garantire fedeltà e scalabilità della sequenza.

5.Preparazione dell'RNA per biologia strutturale

Per la cristallografia a raggi X e gli studi NMR, è necessario sintetizzare sequenze di RNA ben definite con elevata purezza. La fosforamidite Bz-rC fornisce l'efficienza di accoppiamento e la pulizia della deprotezione richieste.

6. Standard di riferimento per la profilazione delle impurità

Essendo una potenziale impurità di processo nelle sostanze farmaceutiche oligonucleotidiche (ad es. N4‑benzoil‑citidina residua, prodotti di deprotezione incompleta), la fosforamidite Bz-rC o i suoi derivati ​​deprotetti fungono da standard di riferimento nei metodi HPLC e LC‑MS.

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