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Il prodotto Fmoc-N-Metil-L-Val-OH (IUPAC: N-[(9H-fluoren-9-ilmetossi)carbonil]-N-metil-L-valina, noto anche come Fmoc-N-Me-Val-OH) è un derivato specializzato protetto da N-α-Fmoc della N-metil-L-valina. La molecola è costruita sulla catena laterale alifatica ramificata della valina, ma la modifica strutturale che la definisce è la sostituzione dell'idrogeno ammidico dello scheletro con un gruppo metilico sull'atomo di azoto.

Fmoc-AzaTrp-OH (Fmoc-L-7-azatriptofano, noto anche come (S)-2-((((9H-fluoren-9-il)metossi)carbonil)ammino)-3-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)propanoico) è un elemento costitutivo di aminoacidi specializzato protetto da Fmoc che incorpora un sistema ad anello aza‑indolo al posto di la catena laterale indolo standard del triptofano. Il gruppo protettivo Fmoc all'estremità N-terminale consente un'integrazione perfetta nei flussi di lavoro Fmoc SPPS standard, mentre la porzione 7‑azatriptofano introduce un atomo di azoto nell'anello indolico che altera in modo significativo le proprietà elettroniche e di legame idrogeno della catena laterale.

Boc-Pip(Fmoc)-OH (acido 4-(Boc-ammino)-1-Fmoc-piperidina-4-carbossilico, CAS 368866-07-3) è un derivato amminoacidico innaturale conformazionalmente vincolato costruito su un sistema ad anello piperidinico. La molecola presenta un nucleo di acido piperidina-4-carbossilico con due gruppi protettivi ortogonali: un gruppo terz-butossicarbonile (Boc) che protegge l'azoto 4-amminico e un gruppo 9-fluorenilmetossicarbonile (Fmoc) che protegge l'azoto dell'anello in posizione 1.

Fmoc-Sar-OH.H2O è la forma protetta da Fmoc della sarcosina (N‑metilglicina), fornita sotto forma cristallina monoidrata. La sarcosina è l'amminoacido N‑alchilato più semplice, caratterizzato da un gruppo amminico secondario (—NH—) al posto del gruppo amminico primario presente negli α‑amminoacidi standard. Questa differenza strutturale altera fondamentalmente il comportamento conformazionale dei peptidi contenenti sarcosina: il gruppo N-metile limita la flessibilità della struttura principale, riduce la propensione ai legami idrogeno e conferisce preferenze uniche di struttura secondaria non accessibili con i residui amminoacidici convenzionali.

Fmoc-N-Me-Trp(Boc)-OH (N-α-(9-Fluorenilmetossicarbonil)-N-α-metil-N-in-tert-butossicarbonil-L-triptofano, CAS 197632-75-0) è un derivato del triptofano N-metilato di-protetto progettato per la sintesi peptidica in fase solida (SPPS) basata su Fmoc. La molecola incorpora tre caratteristiche strutturali chiave: un gruppo Fmoc che protegge la funzione α-amminica, un gruppo N-metilico sull'azoto α e un gruppo Boc che protegge l'azoto indolico della catena laterale del triptofano.

Fmoc-Asp(OMpe)-OH (estere β‑3‑metilpent‑3‑il dell'acido N-α-Fmoc-L-aspartico) è un derivato dell'acido L‑aspartico protetto da Fmoc recante il gruppo protettivo della catena laterale β‑3‑metilpent‑3‑il (OMpe) stericamente impegnativo. Il composto è stato sviluppato specificamente come alternativa avanzata al Fmoc‑Asp(OtBu)‑OH standard per l'uso nella sintesi peptidica in fase solida (SPPS) Fmoc, dove il trattamento ripetitivo con piperidina durante la deprotezione Fmoc può altrimenti innescare un'estesa formazione di sottoprodotti correlati all'aspartimide sui residui aspartilici, in particolare nelle sequenze Asp‑Gly, Asp‑Ser e Asp‑Thr.