5'-O-(4,4'-DiMetossitritil)-N4-benzoil-2'-deossi-5-metilcitidina-3'- O-(O-2-cianoetil-N,N-diisopropilMino) fosforaMidite

Il 5'-O-(4,4'-DiMetossitritil)-N4-benzoil-2'-deossi-5-metilcitidina-3'-O-(O-2-cianoetil-N,N-diisopropilMino) fosforamidito è il monomero standard per l'introduzione di residui di 5‑metil‑2′‑deossicitidina nel DNA sintetico e negli oligonucleotidi antisenso. Il gruppo N4‑benzoile protegge l'ammina esociclica della base della citosina, prevenendo reazioni di ramificazione durante la sintesi in fase solida. Il gruppo 5-metile sull'anello della citosina aumenta la stabilità termica dei duplex formati con DNA o RNA complementari (ΔTm ≈ +0,5–1,0°C per modifica) e, soprattutto, riduce il potenziale immunostimolante dei motivi CpG quando utilizzati in vaccini antisenso o basati su CpG. Il 5'-O-(4,4'-DiMetossitritil)-N4-benzoil-2'-deossi-5-metilcitidina-3'-O-(O-2-cianoetil-N,N-diisopropilMino) fosforamide è completamente compatibile con i cicli standard di sintesi del DNA (tempo di accoppiamento 2–3 minuti, attivatore come tetrazolo o DCI) e condizioni di deprotezione standard (NH₃ concentrato, 55°C, 8–16 ore). Il 5'-O-(4,4'-DiMetossitritil)-N4-benzoil-2'-deossi-5-metilcitidina-3'-O-(O-2-cianoetil-N,N-diisopropilMino) fosforamidito è anche un intermedio chiave nella sintesi di oligonucleotidi contenenti acidi nucleici bloccati (LNA) quando combinato con altri monomeri modificati. Questo fosforamidite viene spesso utilizzato nella produzione di farmaci antisenso approvati dalla FDA e in applicazioni di ricerca che esplorano la regolazione epigenetica e l'analisi della metilazione del DNA.

Parametri del prodotto

Controllo qualità presso Cosperpharm

Ogni lotto viene sottoposto a:

● Gascromatografia (GC) – purezza ≥97,0%

● Titolazione non acquosa – purezza ≥97,0%

● Indice di rifrazione – analisi confermativa

● ¹H NMR – verifica strutturale

● Aspetto – liquido trasparente da incolore a giallo chiaro fino ad arancione chiaro

Ogni spedizione è accompagnata da un COA completo, da una scheda di sicurezza di sicurezza (con informazioni GHS complete) e da un certificato di origine.

Condizioni di conservazione

Conservare il 5'-O-(4,4'-DiMethoxytrityl)-N4-benzoyl-2'-deoxy-5-Methylcytidine-3'-O-(O-2-cyanoethyl-N,N-diisopropylaMino) fosforamide in un contenitore ermeticamente chiuso in atmosfera inerte (azoto o argon) a –20°C per la conservazione a lungo termine. La conservazione a breve termine (fino a 3 mesi) a 2–8°C in ambiente essiccato può essere accettabile ma non è consigliata per periodi prolungati. Mantenere il contenitore asciutto, protetto dalla luce e lontano da forti agenti ossidanti e acidi. Il composto è altamente sensibile all'umidità; aperto solo in condizioni anidre (vano portaoggetti o con spurgo ad argon). Dopo l'apertura, riportare immediatamente il materiale non utilizzato a –20°C sotto argon.

Durata a magazzino: 2–3 anni se conservato a –20°C in un contenitore sigillato, spurgato inerte con essiccante.

Precauzioni per la manipolazione: utilizzare sotto cappa aspirante. Indossare guanti di nitrile, occhiali protettivi e un camice da laboratorio. Evitare di generare polvere. Lavarsi le mani dopo la manipolazione. Fare riferimento alla scheda di sicurezza per informazioni complete sulla sicurezza.

Vantaggi del prodotto

1. 5‑metilcitosina per una migliore stabilità duplex e resistenza alla nucleasi

Il gruppo 5‑metile sulla base della citosina aumenta la temperatura di fusione (Tm) dei duplex DNA/DNA e DNA/RNA di circa 0,5–1,0°C per modifica. Questa stabilizzazione termica è particolarmente preziosa negli oligonucleotidi antisenso, dove una maggiore affinità di legame si traduce in una migliore potenza e una ridotta dose richiesta. Il gruppo metilico conferisce inoltre una maggiore resistenza ad alcune nucleasi.

2. Ridotta immunostimolazione dei motivi CpG

I dinucleotidi CpG non metilati sono riconosciuti dal recettore Toll-like 9 (TLR9) nelle cellule immunitarie umane, determinando effetti immunostimolanti indesiderati. L'incorporazione della 5‑metilcitosina nei motivi CpG (conversione di CpG in 5‑meCpG) annulla il riconoscimento di TLR9, riducendo il rilascio di citochine fuori bersaglio nelle applicazioni antisenso e siRNA. Il fosforamide 5'-O-(4,4'-DiMetossitritil)-N4-benzoil-2'-deossi-5-metilcitidina-3'-O-(O-2-cianoetil-N,N-diisopropilMino) consente questa immunomodulazione critica.

3. Piena compatibilità con la sintesi e la deprotezione del DNA standard

Il fosforamide 5'-O-(4,4'-DiMetossitritil)-N4-benzoil-2'-deossi-5-metilcitidina-3'-O-(O-2-cianoetil-N,N-diisopropilMino) utilizza lo stesso schema di gruppi protettivi della 2′‑deossicitidina fosforammidito standard (DMT a 5′, Bz a N4, CE a 3′), con l'unica differenza che è il sostituente 5-metile. Pertanto, non sono necessarie modifiche ai cicli di sintesi, alle soluzioni di attivatore o alle condizioni di deprotezione: funziona perfettamente su tutti i sintetizzatori di DNA standard.

4. Essenziale per gli studi sulla metilazione dell'isola CpG

Nella ricerca epigenetica, gli oligonucleotidi con pattern definiti di 5‑metilcitosina vengono utilizzati come substrati per le metiltransferasi, come standard per il sequenziamento del bisolfito e come sonde per le proteine ​​che legano il metile. Il 5'-O-(4,4'-DiMetossitritil)-N4-benzoil-2'-deossi-5-metilcitidina-3'-O-(O-2-cianoetil-N,N-diisopropilMino) fosforamidito consente ai ricercatori di sintetizzare sequenze di DNA metilate personalizzate senza metilazione enzimatica, che spesso produce modelli incompleti o eterogenei.

5. Terapia con oligonucleotidi antisenso

Diversi farmaci antisenso approvati dalla FDA (ad esempio nusinersen, inotersen) incorporano residui di 5‑metilcitosina per migliorare la stabilità e ridurre l’immunogenicità. Il 5'-O-(4,4'-DiMetossitritil)-N4-benzoil-2'-deossi-5-metilcitidina-3'-O-(O-2-cianoetil-N,N-diisopropilMino) fosforammidito è il monomero di scelta per la produzione di tali prodotti terapeutici su scala commerciale.

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