Fosforamidite 2'-F-dU

La fosforamidite 2'-F-dU incorpora la 2′‑fluoro‑2′‑deossiuridina negli oligonucleotidi sintetici. La modificazione del 2′‑fluoro aumenta notevolmente la stabilità termica dei duplex formati con RNA complementare (ΔTm ≈ +2–3°C per modifica) rispetto al DNA o anche al 2′‑O‑metil RNA, conferendo allo stesso tempo un'eccezionale resistenza alla degradazione delle nucleasi. La fosforamidite 2'-F-dU è particolarmente preziosa nella progettazione di siRNA, dove le modifiche 2′‑F nel filamento senso possono ridurre gli effetti fuori bersaglio e migliorare la stabilità metabolica senza compromettere l'attività dell'RNAi. La fosforamidite 2'-F-dU viene utilizzata anche nello sviluppo di aptameri, poiché la modifica 2′‑F espande la diversità chimica delle librerie di aptameri e migliora l'emivita in vivo. La base uridina non richiede un gruppo protettivo amminico esociclico (a differenza di C, A o G), rendendo la fosforamidite 2'-F-dU più semplice da deproteggere: l'ammoniaca concentrata standard o il trattamento AMA rimuove il gruppo cianoetile e scinde l'oligonucleotide dal supporto, senza passaggi aggiuntivi per la deprotezione della base. La fosforamidite 2'-F-dU è completamente compatibile con i sintetizzatori standard di DNA/RNA, anche se potrebbe essere necessario estendere i tempi di accoppiamento (6–10 minuti) a causa dell'effetto di ritiro degli elettroni dell'atomo di fluoro.

Parametri del prodotto

Perchè Cosperpharm? – I nostri vantaggi competitivi

Itinerario sintetico

Sotto protezione di argon, 5'-O-(4,4'-dimetossitrifenilmetil)-2'-deossi-2'-fluorouridina (3,00 g, 5,47 mmoli) è stata sciolta in diclorometano anidro (50 mL). N,N-diisopropiletilammina (0,55 mL, 3,18 mmol), 1H-tetrazolo (0,45 g, 6,45 mmol) e bis(2-cianetilammino)(2-cianoetossi)fosfina (1,92 g, 6,36 mmol) sono stati aggiunti in sequenza. La miscela di reazione è stata agitata per una notte a temperatura ambiente. Dopo la conferma del completamento mediante TLC, è stata aggiunta una soluzione acquosa di bicarbonato di sodio al 5% (20 mL) per separare gli strati; lo strato organico è stato lavato con soluzione salina satura (20 mL). Dopo essiccamento con solfato di sodio anidro, lo strato organico è stato concentrato a pressione ridotta. Il prodotto grezzo è stato purificato mediante cromatografia su colonna di gel di silice utilizzando una miscela esano/acetato di etile contenente il 3% di trietilammina (da 75:25 a 30:70, v/v). La frazione contenente il prodotto desiderato è stata raccolta e concentrata sotto pressione ridotta, ottenendo (2R,3R,4R,5R)-2-(bis(4-metossifenil)(fenil)metossi)metil)-5-(2,4-diosso-3,4-diidropirimidin-1(2H)-il)-4-fluoro-4-idrossitetraidrofuran-3-il(2-cianetil)disoisoproposfamide (2,76 g, resa 67,3%).

Controllo qualità presso Cosperpharm

Ogni lotto viene sottoposto a:

● Gascromatografia (GC) – purezza ≥97,0%

● Titolazione non acquosa – purezza ≥97,0%

● Indice di rifrazione – analisi confermativa

● ¹H NMR – verifica strutturale

● Aspetto – liquido trasparente da incolore a giallo chiaro fino ad arancione chiaro

Ogni spedizione è accompagnata da un COA completo, da una scheda di sicurezza di sicurezza (con informazioni GHS complete) e da un certificato di origine.

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